A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務處理條件。B研究院若實施特殊性吸收合并，A公司資產(chǎn)、負債賬面價值以原有的計稅基礎并入B研究院。因A公司凈資產(chǎn)為負，可由合并企業(yè)彌補的被合并企業(yè)虧損的限額＝被合并企業(yè)凈資產(chǎn)公允價值×截至合并業(yè)務發(fā)生當年年末國家發(fā)行的最長期限的國債利率，B研究院可彌補的A公司虧損額為0。A公司近5年虧損額500萬元無法得到彌補。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補。

　　C方案：直接注銷

　　A公司通過程序?qū)嵤┵Y產(chǎn)、債權(quán)、債務清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產(chǎn)生投資損失。

　　《財政部、國家稅務總局關于清算業(yè)務企業(yè)所得稅若干問題通知》（財稅〔2009〕60號）規(guī)定，企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價值或交易價格，減除資產(chǎn)的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。

　　A公司資不抵債，按照國家稅務總局清算所得申報表計算思路，A公司欠母公司B研究院往來款1300萬元，因A公司無力償還，轉(zhuǎn)作債務清償收益。經(jīng)初步計算，清算所得為1150萬元，彌補前5年虧損500萬元后，還有清算所得650萬元，需繳納稅款160萬元左右。而A公司賬面存款只有1萬元，根本無力繳納稅款。長年虧損，資不抵債，無力清償?shù)狡趥鶆斩P門的企業(yè)，竟然需要繳納清算企業(yè)所得稅，顯然有悖常理。在實踐中，資不抵債情況下清償收益如何計算，給執(zhí)行清算的稅務人員帶來很大困擾，需要國家稅局總局作出進一步明確。對此，天津市地稅局、國稅局《企業(yè)清算環(huán)節(jié)所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計算限額，幫助企業(yè)走出了因無力償債而關門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規(guī)定，企業(yè)清算期間確定的不需支付的應付款項，需并入清算所得征稅。企業(yè)清算期間應支付但由于清算資產(chǎn)不足以償還的未付款項，無需并入清算所得征稅。根據(jù)該辦法規(guī)定計算，A公司清算所得為-150萬元。

　　《企業(yè)會計準則第2號——長期股權(quán)投資》第十一條規(guī)定，投資企業(yè)確認被投資單位發(fā)生的凈虧損，應當以長期股權(quán)投資的賬面價值以及其他實質(zhì)上構(gòu)成對被投資單位凈投資的長期權(quán)益減記至零為限，投資企業(yè)負有承擔額外損失義務的除外。B研究院對A公司長期股權(quán)投資為500萬元，雖然A公司凈資產(chǎn)為負，未分配利潤為-1650萬元，遠大于實收資本，但可確認長期股權(quán)投資損失只有500萬元。報經(jīng)稅務機關審核后，在B研究院收益中稅前扣除。

　　B研究院借給A公司的往來款1300萬元，因A公司注銷時無力償還，B研究院確認為壞賬。《國家稅務總局關于企業(yè)資產(chǎn)損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國家稅務總局公告2011年第25號）第四十六條第五項規(guī)定，企業(yè)發(fā)生非經(jīng)營活動的債權(quán)，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來款1300萬元，屬于非經(jīng)活動的借款，稅前無法扣除。