A公司是B研究院全資子公司，符合特殊性稅務處理條件。B研究院若實施特殊性吸收合并，A公司資產、負債賬面價值以原有的計稅基礎并入B研究院。因A公司凈資產為負，可由合并企業彌補的被合并企業虧損的限額＝被合并企業凈資產公允價值×截至合并業務發生當年年末國家發行的最長期限的國債利率，B研究院可彌補的A公司虧損額為0。A公司近5年虧損額500萬元無法得到彌補。同樣，B研究院投資A公司的虧損未獲得任何稅收彌補。

　　C方案：直接注銷

　　A公司通過程序實施資產、債權、債務清算后，直接注銷，B研究院投資A公司，產生投資損失。

　　《財政部、國家稅務總局關于清算業務企業所得稅若干問題通知》（財稅〔2009〕60號）規定，企業的全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額，為清算所得。

　　A公司資不抵債，按照國家稅務總局清算所得申報表計算思路，A公司欠母公司B研究院往來款1300萬元，因A公司無力償還，轉作債務清償收益。經初步計算，清算所得為1150萬元，彌補前5年虧損500萬元后，還有清算所得650萬元，需繳納稅款160萬元左右。而A公司賬面存款只有1萬元，根本無力繳納稅款。長年虧損，資不抵債，無力清償到期債務而關門的企業，竟然需要繳納清算企業所得稅，顯然有悖常理。在實踐中，資不抵債情況下清償收益如何計算，給執行清算的稅務人員帶來很大困擾，需要國家稅局總局作出進一步明確。對此，天津市地稅局、國稅局《企業清算環節所得稅管理暫行辦法公告》明確了清償收益計算限額，幫助企業走出了因無力償債而關門卻需繳納清算所得稅的死胡同。該辦法第十一條規定，企業清算期間確定的不需支付的應付款項，需并入清算所得征稅。企業清算期間應支付但由于清算資產不足以償還的未付款項，無需并入清算所得征稅。根據該辦法規定計算，A公司清算所得為-150萬元。

　　《企業會計準則第2號——長期股權投資》第十一條規定，投資企業確認被投資單位發生的凈虧損，應當以長期股權投資的賬面價值以及其他實質上構成對被投資單位凈投資的長期權益減記至零為限，投資企業負有承擔額外損失義務的除外。B研究院對A公司長期股權投資為500萬元，雖然A公司凈資產為負，未分配利潤為-1650萬元，遠大于實收資本，但可確認長期股權投資損失只有500萬元。報經稅務機關審核后，在B研究院收益中稅前扣除。

　　B研究院借給A公司的往來款1300萬元，因A公司注銷時無力償還，B研究院確認為壞賬。《國家稅務總局關于企業資產損失所得稅稅前扣除管理辦法的公告》（國家稅務總局公告2011年第25號）第四十六條第五項規定，企業發生非經營活動的債權，不得作為損失在稅前扣除。B研究院借給A公司的往來款1300萬元，屬于非經活動的借款，稅前無法扣除。